בצה"ל יצטרכו לתחקר את השתלשלות האירועים מיום חילוצו ב-27 באוגוסט (יום ג') מתת הקרקע של החטוף פרחאן קאדי ועד לקראת חצות של ה31.08 (יום שבת) שבו אישר צה"ל כי איתר גופות של חטופים ירויים במנהרה סמוכה.
בישראל ובחמאס אישרו למעשה בהמשך, כל צד וגרסתו, כי נוכחות כוחות לצד מדיניות הביטחון של השובים היא שהביאה כנראה להחלטה לרצוח את ששת החטופים וזאת אולי גם לאור הצלחת חילוץ פרחאן במנהרה סמוכה ומחשש לפעולת חילוץ ישראלית שנמצאת עדיין בעיצומה. החשש כך נטען נבע מתצפית של החמאס שזיהתה כוחות של צה"ל בסמוך למקום שבו הוחזקו ששת החטופים אך יתכן וזו לא הסיבה המרכזית.
באותו יום בו סוכם מבצע חילוצו של פרחן נעשו מספר טעויות בשמירה על ביטחון המידע בדברור שערך דובר צה"ל לתקשורת לגבי פעולת החילוץ לצד הפרת צווי צנזורה בחלק מערוצי הרשת החברתית (תופעה מתגברת בהיעדר אכיפה ברשתות החברתיות ואכיפה סלקטיבית מול גורמי תקשורת רשמיים) ובמרכזם גם ציוץ של השרה מירי רגב, בו חשפה כי מקום הפעולה הוא רפיח.
בהודעה שפרסם דובר צה"ל תת-אלוף דניאל הגרי במהלך ה-27.08 (יום ג') חשף כי הלוחמים שחילצו את קאדי "הגיעו למיקומו הודות למודיעין מדויק" וזאת בסתירה לגרסה ששווקה במקביל על ידי הכתבים הצבאיים ודיברה על סריקות שהביאו למציאתו "במקרה". עוד הוסיף כי "המבצע הזה בוצע בעזרת מודיעין, עם כוחות הפועלים בשטח ממוקד משימה". בצה"ל הזהירו כי "צריך לשמור על המבצע הזה באופן שלא יפגע במאמצים נוספים" ו"מעבר לכך לא ניתן לפרט מפאת סוגיות של ביטחון חטופינו, ביטחון כוחותינו וביטחון המדינה" אך למעשה בשורת התבטאויות שנעשו אולי בלחץ של זמן וחוסר מחשבה הוצג למעשה "מודיעין כוונות".
בבוקר ה-01.09 (יום ראשון) פרסם צה"ל את זהות ששת גופות החטופים ובהמשך את מסקנות הבדיקות הפורנזיות שקבעו כי כל השישה נרצחו באחת מהשעות שבין רביעי לחמישי, קרי יום או יומיים לאחר הפעולה המיוחדת של צה"ל ברפיח. בצה"ל מגדירים אירועים כ"פעולות ותגובות" או פעולות והשלכות. פעולה מוצלחת של צה"ל ותגובת נגד של החמאס שאירעה עקב תחושת דחק או שנעשתה במחשבה בכדי לייצר משוואה חדשה.
והפעולה הזו הצליחה לפחות ברמה התודעתית שכן גורמים בצה"ל הודיעו על הצורך לשנות את אופן הפעולות מעתה לאור צמצום מרחב הפעולה בשטח בו יש חשד לנוכחות חטופים.
היכולת לשלוט על המידע לאורך מלחמת חרבות ברזל הוא אתגר מורכב ונראה כי בישראל קצת איבדו שליטה לאור כמות ההדלפות, הניסיון להציג הצלחות אך גם ביכולת של הרשתות החברתיות לחשוף מידע באמצעות מסרים מידיים, צילומי לוויין והכל תחת אפליקציות המנוהלות על ידי גורמים עלומים ועושות שימוש בפלטפורמות מוצפנות כדג' הטלגרם שאינן משתפות פעולה עם רשויות חקירה ומצליחות להלבין ידיעות שמגיעות היישר מהשטח. הפער הזה ניכר בשנים האחרונות ונראה כי חלק גדול מפעילות ההגנה על המידע ולעיתים על הסודיות נופל בין הכיסאות שעליהם מופקדים גורמי ההגנה על המידע שהם הצנזורה וביטחון המידע של צה"ל.